Toutes les opérations que l'on peut faire sur des entités JPA passent directement ou indirectement par l' entity manager . Cet objet est central dans cette API. Ainsi, toute entité JPA persistante possède une référence sur l' entity manager qui l'a créée ou qui a permis de la retrouver, et un entity manager connaît toutes les entités JPA qu'il gère. Ces opérations peuvent être invoquées directement par appel à la méthode correspondante sur l' entity manager . Elles peuvent aussi être invoquées automatiquement sur les entités en relation d'une entité père. Par exemple, il est possible de propager une opération PERSIST d'une entité père vers les entités qu'elle a en relation. Nous verrons ce mécanisme de propagation en détails dans le chapitre suivant. Il n'est pas possible de mettre en relation une entité gérée par un entity manager avec une autre entité appartenant à un autre entity manager . En revanche, on peut lier une entité à un autre entity manager que celui avec lequel elle a été créée ou lue par une opération MERGE. Toutes les opérations de création, effacement ou modification doivent nécessairement se faire dans une transaction. Une transaction démarre sur appel à la méthode begin() de la transaction dans laquelle on se trouve, et est validée sur appel à sa méthode commit(). On peut annuler une transaction par appel à sa méthode rollback(). Les spécifications JPA définissent cinq opérations sur une entité : PERSIST, REMOVE, REFRESH, DETACH et MERGE. Ces opérations correspondent à autant de méthodes sur l'objet EntityManager.

Cette opération a pour effet de rendre une entité persistante. Si cette entité est déjà persistante, alors cette opération n'a aucun effet. Rendre une entité persistante consiste à l'écrire en base sur le prochain commit de la transaction dans laquelle on se trouve.

L'opération REMOVE a pour effet de rendre une entité non persistante. Si cette entité est déjà non persistante, alors cette opération n'a aucun effet. Une entité rendue non persistante sera effacée de la base sur le prochain commit de la transaction dans laquelle on se trouve.

L'opération REFRESH ne s'applique qu'aux entités persistantes. Si l'entité passée en paramètre n'est pas persistante, alors une exception de type IllegalArgumentException est générée. L'opération REFRESH a pour effet de synchroniser l'état d'une entité avec son état en base. Si les champs d'une entité ont été modifiés dans la transaction courante, ces modifications seront donc effacées par cette opération. Si l'entité a été modifiée en base, alors ces modifications seront prises en compte lors d'un REFRESH.

Une opération DETACH sur une entité persistante a pour effet de la détacher de l' entity manager qui la gère. Cette entité persistante ne sera donc pas prise en compte lors du prochain commit de la transaction dans laquelle on se trouve.

Une opération MERGE sur une entité persistante attache cette entité à l' entity manager courant. On utilise cette opération pour associer une entité à un autre entity manager que celui qui a été utilisé pour la créer ou la lire. Un opération MERGE sur une entité qui a été effacée (opération REMOVE) génère une exception de type IllegalArgumentException.